После того, как русскими были взяты Крым и Таманский полуостров, турки построили в 1784 году для бежавшего населения город Анапу. В Анапе был организован крупный невольничий рынок, на котором особенной популярностью пользовались пленные черкешенки, служившие затем украшением турецких гаремов. К концу 18 века город уже имел тюрское именование Анапы, что обозначает «край стола» (имеется в виду ровный выступ берега).

В последующие десятилетия Анапа в ходе русско-турецких войн переходила от одной враждующей стороны к другой. Окончательно присоединена к Российской империи Анапа была в результате Адрианопольского мирного договора 1829 года.

В 1846 году поселение Анапа получило статус города.

Затем следует стремительное развитие Анапы, в качестве курорта. Официальное звание курортного города Анапа получила в 1866 году. Здесь был построен санаторий доктора В. А. Будзинского. В городе активно шло курортное строительство.

К началу 1940-х гг. в Анапе было уже 14 санаториев и 10 пионерлагерей.

Во время Великой Отечественной войны город Анапа был полностью разрушен фашистскими захватчиками. В 1950-х гг. шли восстановительные работы.

В 1979 году в Анапе была открыта одноименная железнодорожная станция.

В 2006 году в результате реформы самоуправления территория Анапского района Краснодарского края была включена в муниципальное образование «город-курорт Анапа».

5 мая 2011 года указом президента Анапе было присвоено звание «Город Воинской Славы».